Około 1462 roku w wyniku zabiegów Jana I Bala, właściciela Nowotańca, zniesiono tamtejszą parafię, a erygowano nową, w Nowotańcu. Mieszkańcy Bukowska próbowali jeszcze walczyć, fundując w 1710 r. nowy kościół pw. Świętego Krzyża.
Rezultatem ich dążeń było nadanie ok. 1720 r. praw miejskich Bukowsku i ponowne erygowanie w 1748 r. parafii przez biskupa przemyskiego Wacława Hieronima Sierakowskiego. W jej skład weszły m. in. wsie Osławica, Radoszyce, Komańcza, Szczawne, Rzepedź, Łupków czy Turzańsk. Niestety duża odległość do kościoła w Bukowsku spowodowała, że wielu wiernych przechodziło na obrządek wschodni.
Do budowy pierwszego, drewnianego kościoła w Komańczy przystąpiono dopiero w okresie międzywojennym z inicjatywy właściciela tutejszych dóbr Stanisława hr. Potockiego z Rymanowa. Jego starania poparł przemyski ordynariusz bp Anatol Nowak w połowie lat 20. XX wieku.
Hrabia Potocki ofiarował m.in. parcelę i drewno na budowę oraz grunty rolne dla uposażenia probostwa - razem 3,5 ha. Patronem kościoła został wybrany św. Józef dla upamiętnienia zmarłego w 1918 r. Józefa hr. Potockiego (ojca Stanisława), któremu mocno zależało na wybudowaniu świątyni w Komańczy.
Jesienią 30 października 1927 roku kościół został konsekrowany i uroczyście poświęcony. Kilka dni później ordynariusz przemyski bp Anatol Nowak wydanym dekretem erygował nową parafię obrządku rzymskokatolickiego z siedzibą i kościołem w Komańczy, przydzielając do niej z dotychczasowej parafii w Bukowsku 12 wsi z powiatu sanockiego (Komańcza, Czystogarb, Dołżyca, Duszatyn, Jawornik, Mików, Osławica, Prełuki, Rzepedź, Radoszyce, Szczawne, Turzańsk) i 9 wsi z powiatu leskiego (Balnica, Łupków, Maniów, Wola Michowa, Szczerbanówka, Smolnik, Solinka, Roztoki Górne, Zubeńsko).
Pierwszym proboszczem został ks. Ignacy Jarek (1927-1932). Parafia była bardzo biedna, licząca zaledwie 664 wiernych (stan na 1938 r.). Teren w granicach parafii zamieszkiwało 17070 grekokatolików i 503 Żydów wyznania mojżeszowego.
Po powstaniu parafii w Komańczy, dzięki kolejnemu wsparciu hrabiego Stanisława Potockiego, na tzw. Zagumniu pod górą Bircza w latach 1929-31 wybudowano piękny drewniany dwupiętrowy pensjonat, którego projektantem był budowniczy Józef Nadziakiewicz. Budowę zleciła i prowadziła krakowska prowincja Zgromadzenia Sióstr Najświętszej Rodziny z Nazaretu. Zgodnie z przeznaczeniem okazały budynek zaczął służyć Nazaretankom jako klasztor i dom zdrojowy dla podupadających na zdrowiu sióstr. Kaplica klasztorna była drugą w Komańczy (półpubliczną) świątynią obrządku łacińskiego, chętnie nawiedzaną przez mieszkańców wsi i wypoczywających letników.
Dziś jest to klasztor z izbą pamięci poświęconą Prymasowi Tysiąclecia, arcybiskupowi Stefanowi kard. Wyszyńskiemu, internowanemu tu przez okres pełnego roku 1955/56.
Podczas sowieckiego ataku lotniczego na niemieckie pozycje obronne i stację kolejową PKP 22 września 1944 r. spłonął pobliski kościół i plebania. Rolę kościoła parafialnego aż do 1957 roku pełniła kaplica klasztorna pw. św. Teresy od Dzieciątka Jezus.
W latach 1949-50 dzięki staraniem ks. Stanisława Porębskiego i 14 rodzin rzymskokatolickich, obok zgliszczy spalonego kościoła, postawiono zasadniczą bryłę budynku obecnej świątyni według planów Władysława Podwapińskiego.Niewykańczany przez kilka lat kościół został poświęcony dopiero w 1957 roku, również pod wezwaniem św. Józefa.
Ciekawostką z pierwszych lat istnienia kościoła w Komańczy jest fakt odprawienia w nim mszy świętej przez ks. Karola Wojtyłę.
Dla upamiętnienia pobytów w Komańczy, późniejszego papieża i świętego, w 2016 r. na uroczystości z udziałem metropolity przemyskiego ks. abp. Adama Szala, otwarto odcinek "Szlaku Papieskiego" z Komańczy do Jeziorek Duszatyńskich.
Dzięki staraniom księdza Stanisława Porębskiego w latach 70. udało się wybudować plebanię, przy której prace budowlane i wyposażanie trwały do końca 1978 roku.
Od 1961 r. – 1987 r. po śmierci greckokatolickiego księdza Emiliana Kałeniuka kościół w Komańczy służył także jako świątynia i miejsce modlitw dla katolików wyznania unickiego.
W 1993 r. w kruchcie kościoła odsłonięto tablicę pamiątkową poświęconą ks. prałatowi Stanisławowi Porębskiemu, człowiekowi bardzo skromnemu, obdarzonemu niezwykłą charyzmą duszpasterza, aktywnie zaangażowanemu w działalność społeczną i charytatywną.
W przeciągu ostatnich 30 lat z inicjatywy kolejnych proboszczów oraz parafian przeprowadzono remont i kilka zmian w budynku świątyni i obejściu. Między innymi do bryły kościoła dobudowano słupową, dwukondygnacyjną wieżę kościelną z kruchtą (1993 r.), odnowiono oszalowanie zewnętrzne ścian, zakonserwowano pokrycie dachowe z blachy, postawiono kamienną kapliczkę, wymieniono ogrodzenie, zamontowano iluminację świątyni, w obejściu wybrukowano kostką chodniki i wyasfaltowano dojazd do plebanii, dokonano wielu zmian w wystroju i wyposażeniu wnętrza kościoła.
Dziś parafia obrządku rzymskokatolickiego w Komańczy należy do dekanatu Rzepedź, obejmuje także miejscowości Dołżyca, Radoszyce i Prełuki. Ma około 500 wiernych i 3 kościoły: parafialny w Komańczy oraz dojazdowe w Radoszycach i Dołżycy. Od początku prowadzona była przez księży diecezjalnych, a obecnie archidiecezjalnych z Przemyśla.
